公共卫生系创建于1950年，时设劳动卫生学等6个教研室，李方邕教授任首届系主任。1960年浙江医学院与浙江中医学院、浙江卫生实验院合并，更名为浙江医科大学，仲金奎任系主任。
1980年再次重建卫生系，郑介安教授任系主任。1983年夏，因故停办。1986年，卫生系恢复招生，黄幸纾教授任系主任。
为适应医疗卫生事业的发展，加快培养公共卫生事业专业人才，1994年10月14日成立公共卫生学院，特邀卫生防疫司司长戴志澄教授为名誉院长，吴德仁任院长。学院下设预防医学系、卫生管理系、妇幼卫生系和环境与健康科学研究所、卫生检测中心及二十余个教研室。
1998年，原浙江大学、杭州大学、浙江医科大学、浙江农业大学四校合并组建新浙江大学。次年更名为浙江大学医学院公共卫生系（暨浙江大学公共卫生学院），姚耿东教授任系主任（院长）。2002年起姚耿东教授任系主任（院长）、陈坤教授任系副主任（副院长）、柯雪琴副教授任中共党总支书记。
公共卫生系（院）现设有劳动卫生与环境卫生研究所（教研室）、流行病与卫生统计教研室、毒理学教研室、营养与食品卫生研究所（教研室）、社会医学与儿少卫生教研室、全科医学教研室、医学伦理与卫生法学教研室、公共卫生教学实验中心，以及浙江省劳动卫生与环境卫生重点学科和浙江省生物电磁学重点实验室。有5个硕士学位授予点和1个博士学位授予点（劳动卫生与环境卫生）。全系（院）共有教职工60人，其中教授11人，副教授25人。有博士生导师6人，硕士生导师23人。有本科在校生197人、硕士生37人、博士生12人。
公共卫生系（院）尽管几经更迭、拆建、分合，但在几代人的共同努力下，在学科建设、人才培养、科学研究等方面都有了很大的发展。
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