为了适应21世纪医学人才的培养需要，以世界银行贷款高等教育发展项目的实施为契机，生物医学实验教学中心（以下简称中心）于1999年正式成立。
实验中心由机能综合实验室（包括生理学、病理生理学和药理学教学实验室），形态综合实验室（包括解剖学、组织胚胎学和病理学教学实验室），病原与免疫综合实验室（包括微生物学、寄生虫学和免疫学教学实验室），细胞生物与遗传综合实验室（包括细胞生物学、遗传学教学实验室），生化与分子生物学综合实验室（包括生化和分子生物学教学实验室），共五个综合实验室构成。中心现有总面积为5292m2（机能940m2、形态2470m2、病原与免疫802m2、细胞生物与遗传560m2、生化520m2）,仪器设备固定资产为866万元。
中心为独立编制单位，属于校院两级管理,现有工作人员45人。包括学校聘任的主任1名，基础医学院聘任的常务副主任1名、副主任3名，中心聘任的综合实验室主任5名(其中3人兼中心副主任)、办公室主任1名，中心招聘的专职教辅人员37名。其中,教授3人、副教授4人、副主任技师4人、讲师1人、主管技师23人、技师6人、技士4人；博士毕业1人，硕士毕业5人，本科毕业7人，大专毕业22人。
中心承担12门医学基础课的主要实验课程，每年接受临床医学、基础医学、口腔医学、预防医学、临床医检、护理、药学等专业的本科和七年制学生2400人，成人教育学生1400人；年人学时数为424，416（本科308，512，成人115，904）。
2001年12月，由北京市教委组织的北京地区高等学校基础课实验室评估组，按照评估标准，从中心的体制管理到实验教学、仪器设备、实验队伍、环境与安全、管理规章制度，进行了全面检查，评估组高度评价了中心的工作。
实验教学改革既是成立中心的基本动因，也是中心建设和发展的首要任务。中心成立后，在医学部、学院领导和各部门的支持下，在各学科教学骨干的密切配合下，我们按照知识、能力、素质综合培养的教学要求，正在对医学基础实验教学体系进行全面改革。
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